Σκοπός του προτεινόμενου Π.Μ.Σ., είναι η εκπαίδευση πτυχιούχων προερχόμενων από τα συνεργαζόμενα Τμήματα (Διοίκησης Επιχειρήσεων Αγροτικών Προϊόντων και Τροφίμων (Δ.Ε.Α.Π.Τ.), Διαχείρισης Περιβάλλοντος και Φυσικών πόρων (Δ.Π.Φ.Π.) και Ιατρικής), καθώς και πτυχιούχων άλλων συναφών Τμημάτων των Εκπαιδευτικών Ιδρυμάτων της χώρας ή του εξωτερικού στα γνωστικά αντικείμενα του Προγράμματος, ώστε:

α) να παράγονται εξειδικευμένα στελέχη σε θέματα πιστοποίησης και διασφάλισης ποιότητας γεωργικών προϊόντων σε σχέση με την διατροφή και την υγεία του καταναλωτή. Τα στελέχη αυτά θα έχουν ουσιαστική παρέμβαση και γνώση σε τοπικό, περιφερειακό και εθνικό επίπεδο σχετικά με την παραγωγή και πιστοποίηση ποιοτικών προϊόντων σε σχέση με τα σύνθετα προβλήματα νομοθεσίας, που διέπουν τις γεωργικές δραστηριότητες.

β) να εξασφαλίζεται η προαγωγή της επιστημονικής γνώσης και συνεπώς η ικανοποίηση των ερευνητικών, εκπαιδευτικών και αναπτυξιακών αναγκών του τόπου, και

γ) να συνεισφέρει στην αντιμετώπιση σύγχρονων προκλήσεων σε θέματα παραγωγής εναλλακτικών μορφών γεωργικής παραγωγής συμπεριλαμβανομένης της ολοκληρωμένης και οικολογικής καθώς και το μείζον θέμα της γενετικής τροποποίησης.
Η πρόταση για την οργάνωση και λειτουργία ενός εξειδικευμένου Προγράμματος Μεταπτυχιακών Σπουδών και οι επιδιωκόμενοι στόχοι του προγράμματος αποτελούν προϊόν:

Το προτεινόμενο Π.Μ.Σ. οδηγεί στα ακόλουθα: α) στην απονομή Διπλώματος Προχωρημένων Σπουδών (Δ.Π.Σ.), μονοετούς διάρκειας, β) στην απονομή Μεταπτυχιακού Διπλώματος Ειδίκευσης (Μ.Δ.Ε.), διετούς διάρκειας και γ) στην απονομή διδακτορικού διπλώματος.

Ο αριθμός των υποχρεωτικών μαθημάτων με τη μορφή εβδομαδιαίων, ενιαίων ως προς το αντικείμενο, διαλέξεων που κατανέμονται στο χειμερινό και στο εαρινό εξάμηνο κάθε ακαδημαϊκού έτους είναι συνολικά 14 (7 σε κάθε εξάμηνο). Η κάθε θεματικά ενιαία ενότητα περιλαμβάνει 35 ώρες διδασκαλίας σε εβδομαδιαία βάση, εκ των οποίων 20 ώρες είναι Θεωρία και 15 ώρες Πρακτική-Εργαστηριακή άσκηση. Θεματικές ενότητες για τις οποίες δεν απαιτείται Πρακτική-Εργαστηριακή άσκηση θα περιλαμβάνουν μόνο 35 ώρες θεωρητικής διδασκαλίας. Τα μαθήματα απαρτίζονται από ενότητες μαθημάτων οι οποίες θα εκτελούνται με σειρές διαλέξεων.

Επιπλέον των προαναφερόμενων μαθημάτων, στη δομή του προτεινόμενου Π.Μ.Σ., προβλέπεται να πραγματοποιηθούν σεμινάρια-διαλέξεις και ημερίδες, καθώς και η ερευνητική εργασία των Μεταπτυχιακών Φοιτητών που ακολουθούν το πρόγραμμα για το Μ.Δ.Ε.

Για την πραγματοποίηση του προγράμματος, εκτός από τα μέλη Δ.Ε.Π. του Τμήματος Δ.Ε.Α.Π.Τ., Δ.Π.Φ.Π., Ιατρικής του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων συμμετέχουν μέλη Δ.Ε.Π. και άλλων ΑΕΙ, εξωτερικοί συνεργάτες καθώς και φορείς που θα συμβάλλουν στην θεωρητική κατάρτιση, αλλά και στην πρακτική εξάσκηση των φοιτητών (π.χ. ερευνητικά κέντρα του ΕΘ.Ι.ΑΓ.Ε). Στις υποδομές όλων των συνεργαζόμενων φορέων οι φοιτητές θα μπορούν να πραγματοποιούν μέρος ή και ολόκληρη την ερευνητική τους εργασία.